癫痫灶的定位并不简单，癫痫灶的定位应该是综合性的，即影像学、脑代谢、血流量变化、神经电生理及神经心理等各项检查的结果，由各医生共同讨论而后才能确定。绝非简单看一次神经外科门诊就可以确定的。
癫痫灶定位困难之处在于，癫痫灶的基本病理生理变化是神经元膜的异常电位发放，完全没有或可以没有结构性损害。因此CT还有MRI对癫痫灶的确定作用不大，CT及MRI发现的异常可以叫“病灶”，但不一定是“癫痫灶”，这些病灶可以影响周围神经元的功能引起异常放电导致癫痫发作。

现在已有现代化的检查方法可以发现癫痫灶所具有的脑血流量的变化及代谢变化。但是这种变化并非癫痫灶所特有，其他疾病也可以有，如脑血管疾病。在临床上还时常发现这两种检查的异常和癫痫灶不在同一部位，甚至南辕北撤。所以也不能单独依靠这两者作癫痫灶的定位。
既然癫痫灶的基本异常为异常放电，脑电图肯定是定位的主要依据。但是常规脑电图达不到准确定位的要求，因为异常电位从神经元传到头皮上的电极要经过电阻很高的颅骨及头皮，使定位不准，其次因为常规脑电图记录时间短，不一定能记录到异常电位。
所以癫痫灶的定位可谓是阻碍重重，而外科治疗的术前定位应作长期监测脑电图及录像监测脑电图，而且应监测到3—5次临床发作，仔细分析发作时的表现以及发作开始瞬间，发作中及发作后的脑电图变化，才能发现异常放电起于何处。

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